La historia de la creación del Hospital Regional José David Padilla Villafañe Empresa Social del Estado, se remonta a los inicios de un puesto de salud el cual era una casa en arriendo ubicada por la calle 6ª con carrera 10, y solo contaba con los servicios de una ayudante de enfermería, allí solo se prestaban los servicios de curación, aplicación de inyecciones y vacunación, no se prestaban servicios de consulta.
Fundado aproximadamente en el año 1946, en ese entonces el actual departamento del Cesar pertenecía al departamento de Magdalena.
En el año 1950, como iniciativa de una presunta junta, y al alcalde municipal de la época y otras importantes personalidades nombraron como director al Dr. Mario Romero Meza, entonces paso a centro de salud, el cual toma nuevos instalaciones ubicadas en el barrio Barahoja y todo lo realizado en el centro de salud se rendía informe mensual al hospital de Gamarra.
En 1968, mediante resolución administrativa del departamento se lleva a cabo la descentralización del Magdalena y se crea el departamento del Cesar. Se amplió la planta de personal, ya se contaba con 10 camas, 2 médicos de planta, un médico rural, 2 enfermeras, promotores de salud, un control venéreo, un vacunador.
Entre todos eran una nómina de 20 trabajadores, se continuaba rindiendo informe al Hospital de Gamarra.
En el año 1972, el centro de salud de Aguachica queda como sede de la unidad Regional de Aguachica, mediante Resolución 04 del 22 de septiembre de 1972 aprobada por Resolución del Ministerio de Salud 002550 del 7 de noviembre de 1972, al frente de la cual se destacó el Dr. Rafael Castillo Labarces, con este ascenso se inició el despegue el cual consistió en ampliar estructura administrativa y planta física.
Mientras tanto desde 1974, se difundía un eslogan “El Hospital de Aguachica no era una necedad sino una necesidad”. Se formó una junta cívica que trabajó incansablemente creando así un fondo Pro Hospital el cual emprendía grandes campañas en pro de la construcción de un nuevo Hospital.
En el año 1982 fue terminada la construcción pero se continuaba sin prestar servicios de salud, continuaban los servicios en el centro de salud. En 1985 se abre la nueva Institución como sede de la unidad Regional del Sur, donde a la fecha funciona como: “Hospital Regional José David Padilla Villafañe, Empresa Social del Estado” en el cual dependerían de ella tres unidades locales (Tamalameque, la Gloria, Gamarra), seis centro de salud (Pelaya, Pailitas, San Alberto, San Martín, Rió de Oro y Gonzáles) y 28 puestos de salud.
El hospital en ese entonces contaba con 11 médicos, un odontólogo, dos bacteriólogas, dos enfermeras, un administrador, una trabajadora social, personal administrativo, una nutricionista y demás personal de atención.
Las unidades locales pasaron a ser manejadas por el Departamento de la Salud del Cesar, al pasar a ser municipios junto con sus centros y puestos de salud.
Mediante ordenanzas número 050 del 10 de diciembre de 1994, la asamblea en cumplimiento de lo ordenado por el decreto 1222 de 1986, ley 10 de 1990, la ley 100 de 1993 y decreto 1876 de 1994, fue transformado en Empresa Social De Estado del orden departamental.
Por ordenanza 025 del 27 de mayo de 1995, la Asamblea Departamental del Cesar, le asignó el nombre HOSPITAL REGIONAL DE AGUACHICA JOSÉ DAVID PADILLA VILLAFAÑE EMPRESA SOCIAL DEL ESTADO, en honor al que en una época fuese un destacado Gerente. Por último mediante la Ordenanza 053 del 02 de Noviembre de 1995 en atención a ser una entidad Departamental se elimina del nombre la frase “de Aguachica” y el nombre asignado es HOSPITAL REGIONAL JOSÉ DAVID PADILLA VILLAFAÑE, EMPRESA SOCIAL DEL ESTADO, el cual se conserva en la actualidad y en la misma Ordenanza, se modifica la estructura de la empresa, en lo relacionado con la conformación de la junta directiva, normatividad que se encuentra vigente.